实用生物信息学研讨班

背      景:

如您所知,近年来,以基因组科学为代表的研究工作和技术平台先后获得各项资助,如国家863计划、973计划、中国科学院知识创新工程、国家重大攻关项目、自然科学基金,等。为了辅助广大科研工作者掌握高通量测序技术原理、实验设计以及后期数据分析技能,北京市计算中心生物计算事业部与军事医学科学院微生物流行病研究所生物信息学研究室联合举办实用生物信息学培训研习班。 

主办单位:
中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会
承办单位:
北京市计算中心
协办单位:

云计算关键技术与应用北京市重点实验室
中国医药生物技术学会生物医学信息技术分会
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
中国生物工程杂志
北京唐唐天下生物医学信息科技有限公司
北京微生太科技有限公司
北京依托华茂生物科技有限公司

举办地点:
北京海淀区丰贤中路7号3号楼,北京市计算中心三层会议室
培训时间:
2018.11.19-23 上午:9:30-12:00下午:13:00-16:30
培训内容:
 


 
日期

授课题目

授课内容

第一天

生物信息学导论

1.生物信息学发展简史(重点讲解) 
  2
.生物信息学主要研究领域(重点讲解) 
  3
.生物信息学软件和工具 
  4
.生物信息学重要会议

生物信息学基础(上机操作)

1linux基础 
 
掌握Linux系统下的常用命令(重点)
 
掌握linux环境下软件的安装使用 
 
了解shell脚本的编写 
  2
perl基础 
 
介绍Perl 的基本元素 
  Perl
在生物信息中应用示例(DNA复制、DNA转录、RNA翻译)

第二天

二代测序技术原理及基因组拼接

1、介绍目前主流二代测序仪的测序原理 
  2
、主要操作流程及特点 
  3
、序列拼接的技术方法 
  4
、常用软件及全基因组个性化组装的技巧

基因组拼接组装(以细菌/病毒为例)(上机操作)

1、全基因组组装的流程介绍 
  2
、原始测序数据的预处理 
  3
、分别介绍VelvetSOAPdenovo的使用,并以一株细菌的测序数据为例进行组装 
  4
、介绍Newbler的是使用,并以一个IonTorrent测序的噬菌体数据为例进行组装 
  5
、以细菌的数据为例,介绍填补gap的方法,包括延伸法,局部拼接法

第三天

基因组重测序与数据分析

1、讲解基因组重测序的概念、目的与应用 
  2
、结合实例讲解其原理、类据类型与格式、操作流程、软件等相关知识

基因组重测序数据分析实例(上机操作)

1、对二代测序数据的解读 
  2
、数据质量控制及数据过滤 
  3
、使用BWASamtools进行数据比对并对比对结果进行可视化(重点讲解) 
  4
、寻找SNPIndel并进行注释(重点讲解) 
  5
、寻找结构变异并对变异进行注释(重点讲解)

第四天

转录组测序与数据分析

1、转录组基本概况和技术发展简介 
  2
、转录组技术流程及技术细节(重点讲解) 
  3
、转录组应用案例

转录组数据分析实例(上机操作)

1、转录组数据准备和软件介绍及安装 
  2
、转录组数据的比对(重点讲解) 
  3
、表达量估计和分析(重点讲解) 
  4
、后续功能分析简介

第五天

microRNA测序与数据分析

1microRNA目前的应用、发展历史以及microRNA的定义 
  2
microRNA的生物学过程(重点讲解) 
  3
microRNA的测序(重点讲解) 
  4
microRNA测序数据分析软件(重点讲解) 
  5
microRNA目前的挑战以及将来的研究前景 
  6
microRNA测序数据分析案例展示(重点讲解) 
  7
、近期文献

microRNA数据分析实例(上机操作)

1microRNA测序数据预处理(重点讲解) 
  2
、测序数据长度分布计算 
  3
microRNA的预测(重点讲解) 
  4
microRNA碱基偏好性计算 
  5
microRNA靶标基因预测,结果提取、统计(重点讲解)

蛋白结构与互作分析

PyMol,Cytoscape


培训特色:

授课教师:来自计算中心、军科院,多个海归博士,均在生物信息学领域有丰富的工作经验。 
实际实用:理论讲授和上机实习搭配,结合具体案例。 
精致小班:每班少于35人,可根据学员课前提出的工作需求调整课程内容。 
VIP
待遇:培训后,仍可免费来我中心与生物信息专家一对一辅导。 
效果保障:至今已经成功举办多次生物信息分析专题培训,累计百余人次,广受学员好评。 

报名费用:

报名种类

优惠对象

注册费

A

在校学生(需学生证)

5500

B

工作人员

6000

注册费含听课费、材料费、上机费和午餐。请自带笔记本电脑用以上机实习。

材料:《高通量测序与高性能计算理论和实践》北京科学技术出版社。


付费方式:

现金、支票、银行转账、银行汇款 
单位全称:北京市计算中心 
    号:0200151819100023937
开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行 
(备注:在汇款明细里加上生物计算事业部——您的姓名) 

报名优惠活动:

  1、11.1日前报名并缴费优惠200元。 
   2
3人以上团体报名每人可减少300元; 
   3
4+1团报,可免费赠送一个名额;                 
   4
、上面3种优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种。 

老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。
培训以收到学员培训费为成功报名,培训座位按收到费用先后顺序安排。 


报名表
单位名称:报名课程:开课时间:sxxx
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