日 期 | 主题 | 内容 |
第一天 上午 | 微生物组学研究现状及应用 | 1、微生物组学研究现状及应用 2、微生物组数据分析流程设计 3、常用数据库介绍 4、方案设计与案例分享 |
微生物组学数据分析上机基础 | 1、Linux常用命令使用和上机操作 2、Linux环境下软件安装 | |
第一天 下午 | 微生物多样性数据分析 | 1、质控流程：双端序列合并、提取barcode、质控、样品拆分、切除引物 2、生成OTU：序列格式转换、去冗余、聚类生成OTU 3、OTU筛选：嵌合体生成原理及去除方法、筛选细菌/真菌序列、生成代表性序列和OUT表 4、物种注释及进化树构建 5、常用Alpha多样性指数计算 6、常用Beta多样性距离矩阵计算 7、统计分析 7.1、箱线图展示Alpha多样性及组间比较统计 7.2、散点图展示样品及组间主坐轴分析(PCA/PCoA/NMDS) 7.3、样品与组间相关分析，并用热图可视化结果 |
第二天 | 宏基因组数据分析与结果解读 | 1、宏基因组分析基本策略 2、数据质量评估 3、数据质量过滤 4、宿主污染过滤 5、数据组装 6、基因预测 7、物种注释（MEGAN、Krona） 8、功能注释（KEGG、eggNOG） 9、统计分析 聚类分析（物种、功能、基因） 差异分析（物种、功能、基因） 10、常用分析图表在文章中意义和使用场景 |
第三天 | 数据挖掘与可视化实现 | 1、R绘图功能在微生物组学信息分析中的应用 韦恩图、花瓣图、散点图、热图、盒形图（箱线图）等 2、网络分析 MENA Igraph Cytoscape 3、物种与样本关系 Circos分析 4、差异物种分析 LEfSe分析 5、KEGG和COG预测分析 PIRUSt和STAMP 6、进化分析 ITOL |
