基因组关联分析技术应用培训班

基因组关联分析技术应用培训班

随着测序技术的发展,产生了海量的基因型数据,然而如何将基因型与表型进行关联,从而定位复杂疾病风险基因或农业动植物重要经济性状相关的遗传变异却是一项巨大挑战。在过去的十年间,借助全基因组关联分析(GWAS),科研人员发掘了大量与人类复杂疾病和农业动植物重要经济性状相关的遗传变异。

北京市计算中心生物计算事业部,在基因组关联分析领域具有丰富经验,发表多篇领域顶级杂志。针对具备一定统计学、遗传学、分子生物学基础的生物医学领域研究人员,特开设基因组关联分析培训班。

培训特色:

无需任何计算机语言基础;

深入浅出,内容精要实用;

结合人类医学、动植物育种等生物学数据背景知识与实例讲授;

统计学原理+模型/算法+编程实现+生物医学应用;

授课老师经验丰富,边学边练,重实践,力求实效;

小班授课,个别辅导。

主办单位:北京市计算中心

协办单位:

北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心

云计算关键技术与应用北京市重点实验室

全国工业和信息化人才培训基地

中国生物工程杂志

举办地:北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼

课程安排:

2020年3月11日  13:30-17:00(选择性参加)

2020年3月12-14日  9:30-12:00,13:30-17:00

日期

授课题目

授课内容

第〇天

GWAS计算机基础

(选择性参加)

1、Linux基础for GWAS

2、R基础for GWAS

第一天

基因组关联分析理论基础

1、基因组学与生物信息学概述

2、基于群体遗传的数据获取

3、基因组关联分析的原理、数模、策略及常用软件介绍

4、常用GWAS数据库介绍

Plink软件基础应用

1、Plink软件应用

2、Plink文件格式生成与解析

3、等位基因频率计算

4、哈-温平衡计算

5、基因组关联分析流程

6、关联分析结果分析与p校正

第二天

基因型填充Imputation

1、基因型填充Imputation的原理及应用

2、基因型填充软件介绍与应用

3、基因组填充的方法与分析流程

4、1000G数据应用

Plink软件进阶应用

1、基于家系的关联分析

2、曼哈顿图的绘制与结果展示

3、实操for Plink

第三天

Haploview软件

1、Haploview软件应用

2、Haplotype单倍型分析

3、LD连锁不平衡指数计算

4、实操for Haploview软件

Tassel软件

1、Tassel软件应用

2、Tassel基于命令行的批量数据分析

3、生物多样性指数、PCA、遗传距离计算等

4、实操for Tassel软件

注:参加培训班的学员投稿《中国生物工程杂志》,通过审稿的论文将会优先发表

(课程内容以实际授课为准)

讲师介绍:

讲师团队具有丰富实践经验,由一线分析人员亲自授课。

裴老师,博士,北京市科学技术研究院副研究员,中国科学院北京市基因组所博士后,北京市计算中心生物计算事业部生物信息工程师。从事基因组与生物信息学研究多年,具有良好的遗传学及生物信息学研究背景与技术,具有大模型数据分析能力,从事关于遗传学、基因组学与生物信息学工作多年,具有大数据分析与机器学习技术工作经验。熟悉各种生物学与统计学专业软件与分析方法。具有较丰富的生物信息学数据分析、处理与高性能计算机的运用、程序开发及数据库平台构建工作经验。在关联分析领域,其研究成果发表在《Immunology》、《JASN》、《Kidney International》等顶级杂志。

闻老师,北京市计算中心生物信息工程师。毕业于军事科学院,研究方向为神经退行性疾病的蛋白质组学研究和电生理学数据挖掘,曾参与国自然、973计划等重大项目,在国际期刊参与表发学术论文4篇。擅长大数据统计学分析和数据挖掘,具有丰富的遗传流行病学、单细胞基因组学、三维基因组学、蛋白质组学的课题设计和数据分析及生物信息学技术培训经验。

袁老师,北京市计算中心生物计算事业部生物信息工程师。本科就读于山东大学生命科学专业,硕士就读于军事科学院生物信息专业。精通R、Python、Shell Script等编程语言,在Linux服务器运维、集群搭建、docker容器技术、数据库与网站搭建及临床相关的组学生物信息分析方面有着丰富经验。

报名费用


课程内容

注册费

方案一

第一天至第三天(3天)

4000元/人

方案二

第〇天至第三天(3.5天)

4600元/人

注册费包含听课费、资料费、上机费,请自带笔记本电脑以备上机实践使用。

培训期间,免费提供工作午餐。

付费方式

现金、支票、银行转账、银行汇款

单位全称:北京市计算中心

账号:0200151819100023937

开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行

(汇款信息里备注上:“生物计算事业部——您的姓名”,个人汇款请备注单位名称)

报名优惠政策

1、2020.2.27前报名并缴费,可享受减免200元优惠;

2、3人以上团体报名每人可减少300元;

3、4+1团报,可免费赠送一个名额;

4、上面3种优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种;

老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。

培训以收到学员培训费为成功报名,培训座位按收到费用先后顺序安排。

咨询请联系

QQ号:3498448850

张老师:18618295767(微信同号),bcc_peixun@163.com

开课前一周会发送邮件通知,若未接到邮件通知,请电话咨询

培训咨询方式

Q   Q:  3498448850
Email:  bcc_peixun@163.com
张老师:  18618295767(微信同号)
于老师:  15621925881

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