计算机辅助设计—分子模拟与蛋白互作研讨班


计算生物学是一门典型的交叉学科,涉及的学科包括数学、统计学、化学、物理学、生物学和计算机科学等。就整个学科的内容而论,计算生物学最终是以生命科学中的现象和规律作为研究对象,以解决生物学问题为最终目标,数学和计算机仅仅是解决问题的工具和手段。

计算生物学领域的研究进展极大地加深了我们对和疾病密切相关的分子靶标的认识。所有生命过程的实现都是相应蛋白质发挥相应功能实现的,然而,如何有效地利用基本生物学信息,还需要我们从分子甚至原子水平上来掌握生物大分子的三维结构和相关分子之间(蛋白质、核酸、小分子)的相互作用,进而针对疾病靶标来设计治疗性药物。

本研讨班旨在具体分析蛋白质与相关分子(蛋白质、核酸、小分子)之间的相互作用,进而为生命现象的解释及疾病靶标的改造提供支撑。

本次研讨班分为四个阶段

1、掌握必备的基础知识

深刻解读蛋白质结构文件、蛋白质三维结构获取,蛋白质三维结构展示,相关软件安装和操作等。

2、掌握相关分子构建流程

以实际操作为例,形象展示相关分子(蛋白质、核酸、小分子)的构建流程及相关分子(蛋白质、核酸、小分子)三维结构查看,为后续生物分子互作奠定基础。

3、生物分子互作研究

以蛋白-小分子体系为例,详细介绍生物分子互作的研究方法、研究过程及后续结果分析。

4、靶蛋白与相关药物分子互作研究

以一个具体靶蛋白,多个相关药物分子为例,进行靶蛋白相关药物分子筛选研究。

主办单位:北京市计算中心

协办单位:

北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心

云计算关键技术与应用北京市重点实验室

北京市计算中心—工信部和信息化人才培养工程培训基地

北京市计算中心—北京市大数据教学实践基地

 办 地:北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼

课程安排:2020年12月21-23日  上午9:30-11:30   下午13:30-17:00

日期

主题

内容

备注

第一天

生物分子互作研究方法介绍及蛋白质数据库使用

1、生物分子互作原理

2、生物分子互作研究方法介绍

3、RCSB PDB数据库介绍及使用

4、RCSB PDB数据库的使用

5、PDB文件格式详解

理论+操作

蛋白结构分析

1、分子互作可视化软件Pymol、Chimera介绍

2、Pymol软件使用

3、Chimera软件使用

同源建模

Homology modeling

1、同源建模原理介绍

2、Swiss-model在线同源建模

3、实例讲解与练习

核酸三维结构获取

1、核酸结构理化性质概论

2、Chimera等软件核酸结构构建

化学小分子结构获取

1、ChemDraw等化学专业构图软件介绍

2、ChemDraw实例应用

第二天

分子对接

Molecular docking

1、分子对接理论介绍

2、分子对接软件Autodock软件介绍

3、分子对接软件(Autodock)的使用

4、实例讲解与练习

理论+操作

蛋白质-蛋白质对接

1、大分子对接现状分析

2、软件Rosetta软件介绍与使用

3、软件z-dock软件介绍与使用

4、实例讲解与练习

理论+操作

蛋白质-核酸对接

虚拟筛选

Virtual Screening

1、计算机辅助虚拟筛选介绍

2、ZINC等小分子数据库介绍与应用

3、Autodock vina介绍及使用

4、1000体系数据库虚拟筛选实例与练习

理论+操作

第三天

药物先导化合物设计与改造

1、结构上阐述:药物耐药性机理

2、以雌激素受体为例,在生物和化学基础上阐述药物改造机制

3、相关问题答疑

理论+操作

文章作图

实例操作

1、挑选最新Cell、Nature、Science、PNAS等高端杂志论文,进行生物计算论文思路阐述;

2、挑选Cell、Nature、Science、PNAS等杂志中图形、表格,实例操作

理论+操作

注:课程以实际发生为准;若调,会提前通知。

报名费用

注册费:4200元/人(含当期听课费、资料费、证书费、考试费(如有))。培训期间,免费提供工作午餐。

提供当期直播回放(北京市计算中心羽林学院平台)。

开具增值税发票,提供盖章通知、结业证书等相关材料。

注:凡9月开学季报名缴费者有机会获赠价值186元《高通量测序与高性能计算理论和实践》书籍一本。限量50本,先到先得。

报名优惠政策

1、3人以上团体报名每人可减少300元;

2、4+1团报,可免费赠送一个名额;

3、上面优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种;

老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。

培训以收到学员培训费为成功报名,培训座位按收到费用先后顺序安排。

付费方式

现金、支票、银行转账、银行汇款、现场刷卡

单位全称:北京市计算中心

账号:0200151819100023937

开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行

(汇款信息备注:“生物计算——您的姓名”,个人汇款请备注单位名称)

注:款项支出后,请提供付款回执给工作人员,方便核实到账、开具发票。

咨询请联系

QQ号:3498448850

邮箱:bcc_peixun@163.com

张老师 18618295767(微信同号)

于老师 15621925881

开课前一周会发送邮件通知;若未接到邮件通知,请电话咨询。

 


培训咨询方式

Q   Q:  3498448850
Email:  bcc_peixun@163.com
张老师:  18618295767(微信同号)
于老师:  15621925881

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