日期 | 上课时间 | 授课题目 | 授课内容 |
第一天 | 9:30-12:00 | 微生物组学研究概论及进展 | 1、微生物组研究的发展历史 2、微生物测序分析技术及实验技术原理 3、研究热点分享 |
13:30-17:30 | 经典案例分享和方案设计与文章架构设计 | 1、微生物组学经典文章回顾,未来微生物组学发展方向 2、已发表各类精品文章的经验总结:包括经典项目总体设计思路、遇到的困难及解决方案 3、文章写作经验分享,包括文章架构设计、语言风格、结果呈现等写作技巧 | |
第二天 | 9:00-12:00 | Linux基础操作 | 1、Linux常用命令使用和上机操作 2、Linux环境下软件安装 |
16s测序分析结果解读 | 1、OUT分析 2、物种分类与丰度分析 3、Alpha多样性分析 4、Beta多样性分析 5、显著性差异分析 | ||
13:30-17:30 | 16s数据分析 (上机) | 1、质控与数据拼接 2、OTU聚类 3、物种注释 4、统计分析:(1)α多样性分析;(2)β多样性分析;(3)群落结构及丰度分析;(4)进化分析;(5)差异分析(Lefse);(6)功能分析(picrust)。 | |
第三天 | 9:00-12:00 | 宏基因组测序分析结果解读 | 1、物种注释分析 2、差异物种分析 3、差异基因分析 4、功能注释分析 5、MGS分析 |
13:30-17:30 | 宏基因组数据分析(上机) | 1、质控 2、拼接组装 3、聚类Binning:TETRA; MetaCluster; Phymm等 4、基因注释:FragGeneScan;MetaGeneMark;MetaGeneAnnotator等 5、功能注释:RAMMCAP;Blast等 6、统计分析:(1)物种分析;(2)功能分析;(3)差异分析;(4)比较分析 | |
第四天 | 9:00-12:00 | R的数据处理功能及统计应用 | 1、R的安装、运行与使用 2、R语法介绍(R基本符号) 3、R数据处理,对R语言中常用的数据结构包括向量,数组,矩阵,列表,数据框等的介绍、使用方法及使用范围 |
13:30-17:30 | R绘图功能在微生物组学信息分析中的应用 | 1、基础绘图工具(绘图函数、参数、画图面板分割及图形的保存) 2、微生物组学数据结果制作案例实际操作
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