日期 | 授课题目 | 授课内容 |
第一天 | 基因组关联分析理论基础 | 1、 基因组学与生物信息学概述； 2、 基于群体遗传的数据获取； 3、 基因组关联分析的原理、数模、策略及常用软件介绍； 4、 常用GWAS数据库介绍； |
Plink软件基础应用 | 5、 Plink软件应用； 6、 Plink文件格式生成与解析； 7、 等位基因频率计算； 8、 哈-温平衡计算； 9、 目标区域数据提取； 10、 基因组关联分析流程； 11、 关联分析结果分析与p校正； | |
第二天 | 基因型填充Imputation | 12、 基因型填充Imputation的原理及应用； 13、 Beagle软件介绍与应用； 14、 基因组填充的方法与分析流程； 15、 1000G数据应用 |
Plink软件进阶应用 | 16、 基于家系的关联分析； 17、 曼哈顿图的绘制与结果展示； 18、 SNP位点的condition分析； 19、 Meta gwas数据分析； | |
第三天 | Haploview软件 | 20、 Haploview软件应用； 21、 Haplotype单倍型分析； 22、 LD连锁不平衡指数计算； 23、 SNP marker之间的r2、D值等计算； |
Tassel软件 | 24、 Tassel软件应用； 25、 Tassel基于命令行的批量数据分析； 26、 生物多样性指数、PCA、遗传距离计算等； |
