实用生物信息学研讨班


 
日期

授课题目

授课内容

第一天

生物信息学导论

1.生物信息学发展简史(重点讲解) 
  2
.生物信息学主要研究领域(重点讲解) 
  3
.生物信息学软件和工具 
  4
.生物信息学重要会议

生物信息学基础(上机操作)

1linux基础 
 
掌握Linux系统下的常用命令(重点)
 
掌握linux环境下软件的安装使用 
 
了解shell脚本的编写 
  2
perl基础 
 
介绍Perl 的基本元素 
  Perl
在生物信息中应用示例(DNA复制、DNA转录、RNA翻译)

第二天

二代测序技术原理及基因组拼接

1、介绍目前主流二代测序仪的测序原理 
  2
、主要操作流程及特点 
  3
、序列拼接的技术方法 
  4
、常用软件及全基因组个性化组装的技巧

基因组拼接组装(以细菌/病毒为例)(上机操作)

1、全基因组组装的流程介绍 
  2
、原始测序数据的预处理 
  3
、分别介绍VelvetSOAPdenovo的使用,并以一株细菌的测序数据为例进行组装 
  4
、介绍Newbler的是使用,并以一个IonTorrent测序的噬菌体数据为例进行组装 
  5
、以细菌的数据为例,介绍填补gap的方法,包括延伸法,局部拼接法

第三天

基因组重测序与数据分析

1、讲解基因组重测序的概念、目的与应用 
  2
、结合实例讲解其原理、类据类型与格式、操作流程、软件等相关知识

基因组重测序数据分析实例(上机操作)

1、对二代测序数据的解读 
  2
、数据质量控制及数据过滤 
  3
、使用BWASamtools进行数据比对并对比对结果进行可视化(重点讲解) 
  4
、寻找SNPIndel并进行注释(重点讲解) 
  5
、寻找结构变异并对变异进行注释(重点讲解)

第四天

转录组测序与数据分析

1、转录组基本概况和技术发展简介 
  2
、转录组技术流程及技术细节(重点讲解) 
  3
、转录组应用案例

转录组数据分析实例(上机操作)

1、转录组数据准备和软件介绍及安装 
  2
、转录组数据的比对(重点讲解) 
  3
、表达量估计和分析(重点讲解) 
  4
、后续功能分析简介

第五天

microRNA测序与数据分析

1microRNA目前的应用、发展历史以及microRNA的定义 
  2
microRNA的生物学过程(重点讲解) 
  3
microRNA的测序(重点讲解) 
  4
microRNA测序数据分析软件(重点讲解) 
  5
microRNA目前的挑战以及将来的研究前景 
  6
microRNA测序数据分析案例展示(重点讲解) 
  7
、近期文献

microRNA数据分析实例(上机操作)

1microRNA测序数据预处理(重点讲解) 
  2
、测序数据长度分布计算 
  3
microRNA的预测(重点讲解) 
  4
microRNA碱基偏好性计算 
  5
microRNA靶标基因预测,结果提取、统计(重点讲解)

蛋白结构与互作分析

PyMol,Cytoscape


培训咨询方式

Q   Q:  3498448850
Email:  bcc_peixun@163.com
张老师:  18618295767(微信同号)
于老师:  15621925881

主页链接

js