宏基因组分析专题研讨班

日期

授课题目

授课内容

第一天

宏基因学研究的发展和挑战

1、宏基因组研究的发展历史
  2、典型的宏基因组研究及应用
  3、两种宏基因组研究的策略
  4、宏基因组数据分析中的挑战
  5、数据分析过程中的编程简介

QIIME在宏基因组分析中的应用(上机操作)

1.linux常用命令使用和上机操作
  2、单样品物种多样性分析
  A)序列聚类OTUs(Operational   Taxonomic Units)
  B)测序深度判定(Rarefaction Curve)
  C)物种多样性及丰度分析(Relative Abundances)
  3、多样品物种多样性分析,包括以下内容:
  A)多样品OTUs比较(OUT Heatmap、Venn图)
  B)多样品相似度比对(UPGMA 聚类分析)
  C)多样品群落构成比较分析(柱状图)
  D)Weighted PCA(Principal   Component Analysis)分析
  E)Unweighted PCA分析
  F)组间差异显著性分析

第二天上午

基于shotgun测序的宏基因组数据分析技术

一、WGS测序分析的一般流程
  1 流程概览
  2 文库构建和测序方式选择
  3 质量控制和污染序列去除
  4 序列整合和分选
  5 NR-BLAST和MEGAN分析
  6 序列拼接和基因预测注释
  7 循环处理
  二、经常使用的数据资源和工具(重点)
  1 NR/MG-RAST和reference
  2 RAPSearch和alignment
  3 MEGAN和classification
  4 SOAP-denovo和assembly
  5 BWA/inGAP和mapping
  三、数据统计与结果展示(重点)
  1 测序量和拼接效率
  2 从比对文件中提取信息
  3 物种/功能分类和组成
  4 群落结构多样性
  5 聚类和相关性
  6 其它……
  四、WGS测序分析的典型案例
  1 人类微生物组计划-HMP
  2 地球微生物组计划-EMP
  3 反刍动物胃宏基因组
  4 环境病毒组和噬菌体
  5 从相关案例看WGS的优势
  五、一些工具的操作演示(上机)

第二天下午

宏基因组研究的难点:宏基因组拼接非拼接策略的数据分析

1.宏基因组拼接必要性
  2.基因组拼接组装算法原理和流程
  3. 宏基因组拼接的特点及难点
  4. 基于非拼接的宏基因组研究策略
  5.上机操作,演示SOAPdenovo2, MetaIDBA, SPAdes等软件的使用


培训咨询方式

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张老师:  18618295767(微信同号)
于老师:  15621925881

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