日期 | 授课题目 | 授课内容 |
第一天 | 宏基因学研究的发展和挑战 | 1、宏基因组研究的发展历史 2、典型的宏基因组研究及应用 3、两种宏基因组研究的策略 4、宏基因组数据分析中的挑战 5、数据分析过程中的编程简介 |
QIIME在宏基因组分析中的应用(上机操作) | 1.linux常用命令使用和上机操作 2、单样品物种多样性分析 A)序列聚类OTUs(Operational Taxonomic Units) B)测序深度判定(Rarefaction Curve) C)物种多样性及丰度分析(Relative Abundances) 3、多样品物种多样性分析,包括以下内容: A)多样品OTUs比较(OUT Heatmap、Venn图) B)多样品相似度比对(UPGMA 聚类分析) C)多样品群落构成比较分析(柱状图) D)Weighted PCA(Principal Component Analysis)分析 E)Unweighted PCA分析 F)组间差异显著性分析 |
第二天上午 | 基于shotgun测序的宏基因组数据分析技术 | 一、WGS测序分析的一般流程 1 流程概览 2 文库构建和测序方式选择 3 质量控制和污染序列去除 4 序列整合和分选 5 NR-BLAST和MEGAN分析 6 序列拼接和基因预测注释 7 循环处理 二、经常使用的数据资源和工具(重点) 1 NR/MG-RAST和reference 2 RAPSearch和alignment 3 MEGAN和classification 4 SOAP-denovo和assembly 5 BWA/inGAP和mapping 三、数据统计与结果展示(重点) 1 测序量和拼接效率 2 从比对文件中提取信息 3 物种/功能分类和组成 4 群落结构多样性 5 聚类和相关性 6 其它…… 四、WGS测序分析的典型案例 1 人类微生物组计划-HMP 2 地球微生物组计划-EMP 3 反刍动物胃宏基因组 4 环境病毒组和噬菌体 5 从相关案例看WGS的优势 五、一些工具的操作演示(上机) |
第二天下午 | 宏基因组研究的难点:宏基因组拼接非拼接策略的数据分析 | 1.宏基因组拼接必要性 2.基因组拼接组装算法原理和流程 3. 宏基因组拼接的特点及难点 4. 基于非拼接的宏基因组研究策略 5.上机操作,演示SOAPdenovo2, MetaIDBA, SPAdes等软件的使用 |