生物信息数据处理与Perl语言编程应用专题培训班

日期

授课题目

授课内容

第一天

概述

1.      生物信息学数据处理概述;

2.      Perl语言简介特点与数据处理的优势与应用范围

运行调试

3.      Perl语言解释器、编辑器安装;

4.      Perl运行环境测试与程序编写;

5.      UltraEdit软件应用与生物信息学数据文件处理;

6.      基于宏的perl语言快速编程

操作基础

7.      Perl语言基本变量操作符、判断结构;循环结构;

8.      Perl语言常用函数的功能应用;

9.      生物学数据文件的读入与输出;

10.    生物信息学常见文件的分割、合并、过滤、信息提取等;

11.    批量自动化数据文件操作

第二天

生物信息实例应用

12.    常用生物信息学数据文件格式简介;

13.    用perl从NCBI、ENA等数据库批量下载基因序列;

14.    用perl进行生物学数据文件格式转化;

15.    用perl编程从Fasta、GBK、Fastq、PDB等提取关键生物学数据信息;

16.    用perl批量自动化下载基因序列;

17.    用perl进行DNA到protein批量翻译;

18.    用perl批量DNA序列反向互补;

高级数据处理

19.    Perl语言的数组、二维数组、hash表用法;

20.    用perl自动化从表格数据提取信息;

21.    矩阵数据文件的生成与应用

22.    二代测序NGS、GWAS等生物信息分析中perl的应用

第三天

模块与子程序

23.    perl子程序与模块应用;

24.    强大的正则表达式的应用;

25.    用perl进行基因ID列表比较、筛选与统计;

Perl的高级应用

26.    Perl第三方代码库CPAN的简介与应用;

27.    Bioperl模块与应用;

28.    常用生物信息学程序实例;

29.    用perl进行批量自动化本地blast比对及数据分析;

30.    基于perl的circos基因组作图工具介绍;


培训咨询方式

Q   Q:  3498448850
Email:  bcc_peixun@163.com
张老师:  18618295767(微信同号)
于老师:  15621925881

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