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单细胞及空间转录组生信分析实战培训班


随着单细胞技术的发展和广泛应用,单细胞转录组学已经成为生物医学领域中的一个重要研究方向。单细胞转录组学可以在单细胞水平上揭示不同细胞类型之间的异质性,为研究细胞发育、疾病发生和治疗等提供了新的手段和思路。单细胞转录组学可以揭示不同细胞类型之间的异质性和细胞发育过程中的转录组动态变化。通过分析单个细胞的转录组,我们可以了解到不同细胞类型的基因表达差异和功能特征,同时也可以研究细胞发育过程中的分子机制和转录组调控网络。

在本培训班中,您将学习如何使用最先进的单细胞分析技术Seurat和R语言,进行单细胞转录组和空间转录组分析,并了解SCI绘图的基本原理和应用。

具体内容包括:

1)单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术及数据预处理;

2)单细胞转录组分析工具Seurat的基本操作及高级分析方法;

3)空间转录组测序(Spatial Transcriptomics)技术及数据分析;

4)使用R语言进行单细胞分析和SCI绘图。

本课程适合从事生物信息学、细胞生物学、分子生物学和生命科学等领域的科研人员、学生和技术人员。无论您是初学者还是有一定经验的专业人士,我们都将为您提供最新的技术和实践经验。

 

主办单位:北京市计算中心有限公司

协办单位:

北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心

云计算关键技术与应用北京市重点实验室

工业和信息化人才培养工程培训基地

北京市大数据教学实践基地

举 办 地:北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼

课程安排:2023年11月1-3日  上午9:30-11:30   下午13:30-17:00

日期

主题

内容

备注

第一天

单细胞、空间转录组及bulk转录组测序技术

1. 单细胞测序技术研究现状及应用

2. 单细胞转录组实验设计及建库测序原理(重点介绍10x genomics)

3. 空间转录组实验设计及建库测序原理

4. 二代测序技术简介

5. bulk转录组实验设计及建库测序原理

理论

上机操作基础

1. R语言简介

2. R语言安装及配置

3. R语言数据结构

4. R语言数据处理

5. R语言基本统计绘图

6. 单细胞分析相关R包的安装

理论+

实践

第二天

使用Seurat进行单细胞标准分析

1、Cell ranger分析过程和结果解读

2、Seurat数据基本结构(创建,结构形式,包含内容)

3、数据质控及预处理(细胞选择和过滤、数据规范化和缩放以及高度可变特征的检测)

4、细胞分群

5、非线性降维(UMAP/tSNE)

6、差异表达特征

7、细胞群注释(手动注释和软件注释)

8、可视化(小提琴图,热图,聚类图,拐点图,火山图,点线图)

理论+

实践

使用Seurat进行单细胞高级分析

1、 去除批次效应(Harmony)

2、 细胞周期分析(seurat)

3、 通讯分析(cellchat)

4、 拟时序分析(monocle3)

5、 细胞注释(SingleR)

6、 富集分析(GSEA,Go/KEGG)

7、肿瘤细胞拷贝数变异(InferCNV)

8、 双胞预测(DoubletFinder)

9、 Pseudobulk(muscat)

理论+

实践

第三天

单细胞多组学整合分析

1、单细胞转录组和蛋白质组的数据格式

2、构建Seurat的转录组和蛋白质组数据对象

3、标准化流程分析

4、多组学数据结果展示

5、识别标记(转录组和蛋白质组)

理论+

实践

空间转录组分析

1、数据导入和预处理

2、基因表达可视化

3、空间特征识别

4、区域子集分析

理论+

实践

单细胞SCI绘图优化

1、ggplot绘图语法介绍

2、Seurat绘图结果使用ggplot进行优化

3、Seurat结果保存

理论+

实践

注:内容以实际发生为准;若调,会提前通知。

【报名费用】

注册费:4200元/人(含当期听课费、资料费、证书费、考试费(如有))。

提供当期视频回放以供复习使用(羽林学院平台)。

开具增值税发票,提供盖章通知、结业证书等相关材料。

【报名优惠政策】

1、3人以上团体报名每人可减少300元;

2、4+1团报,可免费赠送一个名额;

3、上面优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种;

老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。

咨询请联系】

QQ号:3498448850

邮箱:bcc_peixun@163.com

张老师 18618295767(微信同号)

郭老师 18976866894

【注】开课前一周会发送邮件通知;若未接到邮件通知,请电话咨询。