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生物信息学软件与工具使用培训

日期

时间

课程名称

课程内容

第一天

上午

09:30-

10:30

生物信息学概述与前沿

1. 基因组学与生物信息学背景知识介绍

2. 生物信息进展与前沿技术介绍

10:30-12:00

NCBI数据库

 NCBI数据库介绍:PubMed、Nucleotide(GenBank)、Genome、Structures(MMDB)、Taxonomy、UniGene、Entrez等,数据查询检索

第一天

下午

13:30-15:00

NCBI数据库

2. NCBI数据库数据上传提交与批量下载

3. NCBI数据库实例讲解与练习

15:00-17:00

Blast与序列比对

1. Blast与序列检索比对及参数

2. Blast建库与Blast本地化

3. 实例讲解与练习

第二天

上午

09:30-12:00

MEGA软件与分子进化

1. 分子进化理论基础

2. MEGA与系统发育树构建

3. 实例讲解与练习

第二天

下午

13:30-17:00

分子网络与生物学通路分析

1. 分子相互作用数据库与通路概述(Uniprot,String,DIP数据库)

2. 分子网络分析工具Cytoscape及插件使用

3. 实例讲解与练习

第三天

上午

09:30-12:00

基因组注释

1. 基因本体数据库GO及GO注释

2. 生物学通路KEGG注释方法与实现

3. David与基因注释

4. IPA简介,查询搜索,通路分析与网络构建

第三天

下午

13:30-15:30

疾病和基因突变数据库

1. GeneCard数据库介绍及使用

2. HGMD(人类基因突变数据库)数据库介绍及使用

15:30-17:00

药物基因组数据库

1. PharmGKB数据库介绍及使用

2. PGMD数据库介绍及使用

第四天

上午

09:30-12:00

表观遗传学

1. Encode数据库介绍及使用

2. Roadmap数据库介绍及使用

3. RegulomeDB数据库介绍及使用

第四天

下午

13:30-15:30

蛋白质3D结构

1. 蛋白质结构分析概述

2. PDB数据库介绍与使用

3. PyMol蛋白质结构分析软件介绍与使用

15:30-17:00

SPSS软件与生物统计应用

1. 生物统计概述

2. SPSS使用与生物统计应用

3. 实例讲解与练习