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2018.11.3-4 TCGA、GEO及SRA公共数据库深度挖掘与应用培训班

日期

时间

授课题目

授课内容

第一天

上午

SRA数据库介绍及使用

1、数据挖掘概述; 
  2、高通量组学研究基础知识; 
  3、SRA数据库在线工具的应用; 
  4、SRA数据上传与下载

下午

GEO数据库介绍及使用

1、GEO在线工具的应用; 
  2、GEO数据下载和数据质量分析; 
  3、GEO芯片数据处理

第二天

上午

TCGA数据库介绍及使用

1、TCGA数据库基本概念介绍及数据获取 
  2、操作实战: TCGA数据获取,不同类型数据的使用 
  3、基于TCGA和GEO数据挖掘文章的深度解析及复现(结合具体实例);

下午

TCGA及生物网络调控分析

1、基因表达谱的PPI网络挖掘 
  2、利用cytoscape进行miRNA-mRNA互作网络、蛋白质-蛋白质互作网络上机操作

 (课程内容以实际授课为准)