日期 | 授课题目 | 授课内容 |
第一天 上午 | 微生物组学研究的发展和挑战 | 1、微生物组研究的发展历史 2、测序平台介绍 3、基于测序的研究方法 3.1 宏基因组(target sequencing 和全基因组) 3.2 单个微生物de novo测序 4、应用案例分析 |
第一天 下午 | target sequencing数据分析 | 1、linux常用命令使用和上机操作 2、数据分析过程中的编程简介(perl、R、python等) 3、target sequencing数据分析加上机 3.1质控 3.2去嵌合体 3.3 OTU聚类 3.4 注释 3.5统计分析:(1)α多样性分析;(2)β多样性分析;(3)群落结构及丰度分析;(4)进化分析;(5)差异分析(Lefse);(6)功能分析(picrust)。 |
第二天 全天 | Whole metagenome 和metatranscriptome数据分析 | 1、质控 2、拼接组装:SOAPdenovo;MetaVelvet; Meta-IDBA等 3、聚类Binning:TETRA; MetaCluster; Phymm等 4、基因注释:FragGeneScan;MetaGeneMark;MetaGeneAnnotator等 5、功能注释:RAMMCAP;Blast等 6、统计分析:(1)物种分析;(2)功能分析;(3)差异分析;(4)表达分析 |
第三天 全天
| 微生物de novo测序分析 | 1、 质控 2、 单细胞测序去污染、去嵌合体等 3、拼接组装:SPAdes等 4、基因预测 5、功能注释 6、代谢途径分析 7、进化分析:(1)SNP;(2)插入缺失(3)水平基因转移; 8、转录组分析:(1)基因差异表达分析;(2)代谢通路分析 |
(课程内容以实际授课为准)