日期 | 授课题目 | 授课内容 |
第一天 | 宏基因学研究的发展和挑战 | 1、宏基因组研究的发展历史
2、典型的宏基因组研究及应用
3、两种宏基因组研究的策略
4、宏基因组数据分析中的挑战
5、数据分析过程中的编程简介 |
QIIME在宏基因组分析中的应用（上机操作） | 1．linux常用命令使用和上机操作
2、单样品物种多样性分析
A）序列聚类OTUs（Operational Taxonomic Units）
B）测序深度判定（Rarefaction Curve）
C）物种多样性及丰度分析（Relative Abundances）
3、多样品物种多样性分析，包括以下内容：
A）多样品OTUs比较（OUT Heatmap、Venn图）
B）多样品相似度比对（UPGMA 聚类分析）
C）多样品群落构成比较分析（柱状图）
D）Weighted PCA（Principal Component Analysis）分析
E）Unweighted PCA分析
F）组间差异显著性分析 |
第二天 上午 | 基于shotgun测序的宏基因组数据分析技术 | 一、WGS测序分析的一般流程
1 流程概览
2 文库构建和测序方式选择
3 质量控制和污染序列去除
4 序列整合和分选
5 NR-BLAST和MEGAN分析
6 序列拼接和基因预测注释
7 循环处理
二、经常使用的数据资源和工具（重点）
1 NR/MG-RAST和reference
2 RAPSearch和alignment
3 MEGAN和classification
4 SOAP-denovo和assembly
5 BWA/inGAP和mapping
三、数据统计与结果展示（重点）
1 测序量和拼接效率
2 从比对文件中提取信息
3 物种/功能分类和组成
4 群落结构多样性
5 聚类和相关性
6 其它……
四、WGS测序分析的典型案例
1 人类微生物组计划-HMP
2 地球微生物组计划-EMP
3 反刍动物胃宏基因组
4 环境病毒组和噬菌体
5 从相关案例看WGS的优势
五、一些工具的操作演示（上机） |
第二天 下午 | 宏基因组研究的难点：宏基因组拼接非拼接策略的数据分析 | 1.宏基因组拼接必要性
2.基因组拼接组装算法原理和流程
3. 宏基因组拼接的特点及难点
4. 基于非拼接的宏基因组研究策略
5.上机操作，演示SOAPdenovo2, MetaIDBA， SPAdes等软件的使用 |
