2019.3.2-3宏基因组分析专题研讨班

日期

授课题目

授课内容

第一天

宏基因学研究的发展和挑战

1、宏基因组研究的发展历史 
  2、典型的宏基因组研究及应用 
  3、两种宏基因组研究的策略 
  4、宏基因组数据分析中的挑战 
  5、数据分析过程中的编程简介

QIIME在宏基因组分析中的应用(上机操作)

1.linux常用命令使用和上机操作 
  2、单样品物种多样性分析 
  A)序列聚类OTUs(Operational   Taxonomic Units) 
  B)测序深度判定(Rarefaction Curve) 
  C)物种多样性及丰度分析(Relative Abundances) 
  3、多样品物种多样性分析,包括以下内容: 
  A)多样品OTUs比较(OUT Heatmap、Venn图) 
  B)多样品相似度比对(UPGMA 聚类分析) 
  C)多样品群落构成比较分析(柱状图) 
  D)Weighted PCA(Principal   Component Analysis)分析 
  E)Unweighted PCA分析 
  F)组间差异显著性分析

第二天

上午

基于shotgun测序的宏基因组数据分析技术

一、WGS测序分析的一般流程 
  1 流程概览 
  2 文库构建和测序方式选择 
  3 质量控制和污染序列去除 
  4 序列整合和分选 
  5 NR-BLAST和MEGAN分析 
  6 序列拼接和基因预测注释 
  7 循环处理 
  二、经常使用的数据资源和工具(重点) 
  1 NR/MG-RAST和reference
  2 RAPSearch和alignment
  3 MEGAN和classification
  4 SOAP-denovo和assembly
  5 BWA/inGAP和mapping
  三、数据统计与结果展示(重点) 
  1 测序量和拼接效率 
  2 从比对文件中提取信息 
  3 物种/功能分类和组成 
  4 群落结构多样性 
  5 聚类和相关性 
  6 其它…… 
  四、WGS测序分析的典型案例 
  1 人类微生物组计划-HMP
  2 地球微生物组计划-EMP
  3 反刍动物胃宏基因组 
  4 环境病毒组和噬菌体 
  5 从相关案例看WGS的优势 
  五、一些工具的操作演示(上机)

第二天

下午

宏基因组研究的难点:宏基因组拼接非拼接策略的数据分析

1.宏基因组拼接必要性 
  2.基因组拼接组装算法原理和流程 
  3. 宏基因组拼接的特点及难点 
  4. 基于非拼接的宏基因组研究策略 
  5.上机操作,演示SOAPdenovo2, MetaIDBA, SPAdes等软件的使用


培训咨询方式

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张老师:  18618295767(微信同号)
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