日期 | 时间 | 授课题目 | 授课内容 |
第一天 | 上午 | Linux操作基础及常见命令 | 1、Linux系统操作 2、基本上机命令 |
下午 | R语言基础及实操 | 1、R语言简介 2、R基本数据结构,各种软件包下载和安装 3、R编程基础及语句判断 | |
第二天 | 上午 | SRA数据库介绍及使用 | 1、数据挖掘概述; 2、高通量组学研究基础知识; 3、SRA数据库在线工具的应用; 4、SRA数据上传与下载 |
下午 | GEO数据库介绍及使用 | 1、GEO在线工具的应用; 2、GEO数据下载和数据质量分析; 3、GEO芯片数据处理 | |
第三天 | 上午 | TCGA数据库介绍及使用 | 1、TCGA数据库基本概念介绍及数据获取 2、操作实战: TCGA数据获取,不同类型数据的使用 3、基于发表文章的TCGA数据分析作图实例 |
下午 | TCGA及生物网络调控分析 | 1、基因表达谱的PPI网络挖掘 2、利用cytoscape进行miRNA-mRNA互作网络、蛋白质-蛋白质互作网络上机操作 | |
第四天 | 上午 | 公共数据库挖掘文献解析1 | 1、基于TCGA和GEO数据挖掘文章的深度解析及复现(结合具体实例); 2、如何做成发表文章中的图表 |
下午 | 公共数据库挖掘文献解析2 | 1、经典文献解析及复现; 2、如何利用TCGA和GEO进行数据挖掘及临床转化课题设计 |