TCGA、GEO及SRA公共数据库深度挖掘与应用培训班

日期

时间

授课题目

授课内容

第一天

上午

Linux操作基础及常见命令

1、Linux系统操作

2、基本上机命令

下午

R语言基础及实操

1、R语言简介

2、R基本数据结构,各种软件包下载和安装

3、R编程基础及语句判断

第二天

上午

SRA数据库介绍及使用

1、数据挖掘概述;

2、高通量组学研究基础知识;

3、SRA数据库在线工具的应用;

4、SRA数据上传与下载

下午

GEO数据库介绍及使用

1、GEO在线工具的应用;

2、GEO数据下载和数据质量分析;

3、GEO芯片数据处理

第三天

上午

TCGA数据库介绍及使用

1、TCGA数据库基本概念介绍及数据获取

2、操作实战: TCGA数据获取,不同类型数据的使用

3、基于发表文章的TCGA数据分析作图实例

下午

TCGA及生物网络调控分析

1、基因表达谱的PPI网络挖掘

2、利用cytoscape进行miRNA-mRNA互作网络、蛋白质-蛋白质互作网络上机操作

第四天

上午

公共数据库挖掘文献解析1

1、基于TCGA和GEO数据挖掘文章的深度解析及复现(结合具体实例);

2、如何做成发表文章中的图表

下午

公共数据库挖掘文献解析2

1、经典文献解析及复现;

2、如何利用TCGA和GEO进行数据挖掘及临床转化课题设计


培训咨询方式

Q   Q:  3498448850
Email:  bcc_peixun@163.com
张老师:  18618295767(微信同号)
于老师:  15621925881

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