日期 | 授课题目 | 授课内容 |
第一天 | 基因组关联分析理论基础 | 1、 基因组学与生物信息学概述 2、 基于群体遗传的数据获取 3、 基因组关联分析的原理、数模、策略及常用软件介绍 4、 常用GWAS数据库介绍 |
Plink软件基础应用 | 1、 Plink软件应用 2、 Plink文件格式生成与解析 3、 等位基因频率计算 4、 哈-温平衡计算 5、 目标区域数据提取 6、 基因组关联分析流程 7、 关联分析结果分析与p校正 | |
第二天 | 基因型填充Imputation | 1、 基因型填充Imputation的原理及应用 2、 Beagle软件介绍与应用 3、 基因组填充的方法与分析流程 4、 1000G数据应用 |
Plink软件进阶应用 | 1、 基于家系的关联分析 2、 曼哈顿图的绘制与结果展示 3、 SNP位点的condition分析 4、 Meta GWAS数据分析 | |
第三天 | Haploview软件 | 1、 Haploview软件应用 2、 Haplotype单倍型分析 3、 LD连锁不平衡指数计算 4、 SNP marker之间的r2、D值等计算 |
Tassel软件 | 1、 Tassel软件应用 2、 Tassel基于命令行的批量数据分析 3、 生物多样性指数、PCA、遗传距离计算等 |