日期 | 授课题目 | 授课内容 |
第一天 | 转录组学前沿概述 | 1. 转录组技术发展前沿动态 2. 转录组应用案例及应用热点 |
转录组学实验和分析基础 | 1. 转录组学研究的实验技术 2. 转录组技术流程及技术细节(重点讲解) 3. 常用的转录组测序建库技术 | |
Linux基础操作 | 1. Linux基础操作 | |
第二天 | De novo转录组数据分析上机实践 | 1. 原始测序数据的检测和预处理(重点讲解) 2. 使用Trinity拼接转录组数据(重点讲解) 3. 原始数据与拼接转录本的比对(重点讲解) 4. 表达量统计和差异表达分析(重点讲解) 5. 使用blast对转录本进行功能注释(重点讲解) 6. 寻找转录本的ORF,翻译蛋白质序列 7. 转录因子注释 |
Reference based转录组数据分析上机实践(一) | 1. 转录组数据准备和软件介绍 2. 使用Tophat进行转录组数据的比对(重点讲解) 3. 用IGV查看比对结果 4. 使用cufflinks进行表达量估计和分析(重点讲解) 5. 使用samtools检测转录组数据中的突变(重点讲解) 6. 差异表达基因的功能分析(重点讲解) | |
第三天 | Reference based转录组数据分析上机实践(二) | 1. lncRNA目前的定义、应用和发展 2. lncRNA的生物学过程(重点讲解) 3. lncRNA的测序(重点讲解) 4. lncRNA测序数据分析案例展示(重点讲解) 5. 利用tophat和cufflinks组合,预测转录本 6. 使用CNCI预测新的lncRNA转录本(重点讲解) 7. 使用LncTar软件预测lncRNA调控的靶基因(重点讲解) |
microRNA测序与数据分析(包含上机实践) | 1. microRNA目前的应用、发展历史以及microRNA的定义 2. microRNA的生物学过程(重点讲解) 3. microRNA的测序(重点讲解) 4. microRNA测序数据分析软件(重点讲解) 5. microRNA测序数据预处理(重点讲解) 6. microRNA的预测(重点讲解) 7. microRNA靶标基因预测,结果提取、统计(重点讲解) | |
第四天 | 10x单细胞转录组测序数据常规分析流程介绍及实操 | 1. 10x单细胞测序技术在科研领域的应用 2. 10x单细胞实验建库原理介绍 3. 10x单细胞转录组下机数据处理 4. 10x单细胞软件Cellranger讲解及实操(重点讲解) 5. 从单细胞表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操 |