日期 | 时间 | 授课题目 | 授课内容 |
第一天 | 09:30-10:30 | Python概述及其在生物信息领域的应用 | 概括介绍Python语言的概念及特点,及其在生物信息领域的应用 |
10:30-12:00 | Python软件安装、运行与基本操作 | Python及iPython的安装及使用,Python程序的运行;DOS、Unix命令行操作基本命令;Python变量定义、数字及基本运算 | |
13:30-15:00 | 核心数据类型(1) | 列表、元组 | |
15:00-16:00 | 基本语法结构 | 判断结构、循环结构、异常处理 | |
16:00-17:00 | 实例练习 | 使用python编程,生成斐波那契数字序列 | |
第二天 | 09:30-11:00 | 核心数据类型(2) | 字符串、字典 |
11:00-13:00 | 文件与文件夹操作 | 文件的读入与写入、文件夹操作 | |
13:30-17:00 | 实例练习 | FASTA文件的处理:1、序列基本信息的统计(序列数、碱基数、及平均长度);2、fasta序列反向互补转换和切割 | |
第三天 | 09:30-11:00 | 函数和模块 | 系统库函数、第三方函数、自定义函数;模块定义、导入、使用 |
11:00-12:00 | 正则表达式 | Python特色功能正则表达式学习与应用 | |
13:30-14:30 | 实例练习 | 系统命令在python中的调用 | |
14:30-17:00 | 实例练习 | 大数据文件的分割及合并 | |
第四天 | 09:30-11:00 | BioPython简介及应用实例 | BioPython安装及学习,生物信息学中的实际应用 |
11:00-12:00 | BioPython快速应用 | 使用BioPython处理传统的生物信息数据 | |
15:00-17:00 | 实例练习 | 应用biopython实现genbank、uniprot格式数据转换为fasta格式。 |