日期 | 时间 | 授课题目 | 授课内容 |
第一天 | 上午 | 公共数据库挖掘热点介绍 | 疾病诊断biomarker鉴定、疾病预后biomarker鉴定、可变剪切与预后相关分析、肿瘤免疫分析、多组学泛癌症分析、人工智能研究在病理切片识别上的应用、人工智能在致癌去分化相关的干性特征研究 |
下午 | 常用生物医学数据库介绍 | 大型综合数据库介绍:NCBI、KEGG、Ensembl | |
第二天 | 上午 | 基于公共数据的Biomarker挖掘鉴定演练(上) | 差异表达分析及结果可视化: 1. edgeR包使用 2. 火山图绘制 3. 聚类热图绘制 GO、KEGG功能富集分析及结果可视化: 1. DAVID在线工具使用 2. GO富集分析 3. KEGG富集分析 4. 富集分析气泡图绘制 |
下午 | 基因/蛋白互作网络构建、网络关键节点识别 1. 利用string数据库查询基因/蛋白相互作用 2. 利用cytoscape工具构建相互作用网络 3. 网络拓扑结构分析、关键基因识别 | ||
第三天 | 上午 | 基于公共数据的Biomarker挖掘鉴定演练(下) | 预后相关性分析、生存曲线、ROC曲线绘制: 1. 利用R包进行单因素及多因素预后分析 2. 生存曲线绘制、生存曲线差异显著性分析 3. ROC曲线绘制 |
下午 | 多组学数据联合分析演练(上) | 甲基化与转录组整合分析思路演练 1. 甲基化数据预处理 2. 差异甲基化位点及区域识别 3. 甲基化与转录组数据联合分析 | |
第四天 | 上午 | 多组学数据联合分析演练(下) | lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路演练 1. lncRNA表达谱数据获取 2. miRNA靶基因分析 3. lncRNA与mRNA表达相关性分析 4. ceRNA网络构建及结果可视化 |
下午 | 讨论与答疑 |