日期 | 时间 | 授课题目 | 授课内容 |
第一天 | 上午 | 公共数据库挖掘热点介绍 | 疾病诊断biomarker鉴定、疾病预后biomarker鉴定、可变剪切与预后相关分析、肿瘤免疫分析、多组学泛癌症分析、人工智能研究在病理切片识别上的应用、人工智能多组学数据整合分析 |
下午 | 常用生物医学数据库介绍 | 常用生物医学数据库介绍： 大型综合数据库：NCBI、UCSC 公共高通量测序数据库：SRA 公共基因表达谱数据库：GEO 公共癌症多组学数据库：TCGA 各大数据库数据下载 | |
第二天 | 上午 | R语言基础 | R语言、Rstudio、Bioconductor使用 R语言基础语法、扩展包安装方法 R语言读入数据、数据基础调用 |
下午 | 基于公共数据的Biomarker挖掘鉴定演练（一） | 差异表达分析及结果可视化： 1）edgeR包使用 2）火山图绘制 3）聚类热图绘制 GO、KEGG功能富集分析及结果可视化： 1）GO富集分析 2）KEGG富集分析 3）富集分析气泡图绘制 | |
第三天 | 上午 | 基于公共数据的Biomarker挖掘鉴定演练（二） | 基因/蛋白互作网络构建、网络关键节点识别 1）利用string数据库查询基因/蛋白相互作用 2）利用cytoscape工具构建相互作用网络 3）网络拓扑结构分析、关键基因识别 |
下午 | 基于公共数据的Biomarker挖掘鉴定演练（三） | 预后相关性分析、生存曲线、ROC曲线绘制： 1）利用R包进行单因素及多因素预后分析 2）生存曲线绘制、生存曲线差异显著性分析 3）RISK score计算及结果可视化 | |
第四天 | 上午 | 多组学数据联合分析演练（一） | 甲基化与转录组整合分析思路演练 1）甲基化数据预处理 2）差异甲基化位点及区域识别 3）甲基化与转录组数据联合分析 4）公共表观数据库：ENCODE、regulomeDB |
下午 | 多组学数据联合分析演练（二） | lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路演练 1）lncRNA表达谱数据获取 2）miRNA靶基因分析 3）lncRNA与mRNA表达相关性分析 4）ceRNA网络构建及结果可视化 讨论与答疑 |
