分子模拟与蛋白互作研讨班

计算生物学是一门典型的交叉学科,涉及的学科包括数学、统计学、化学、物理学、生物学和计算机科学等。就整个学科的内容而论,计算生物学最终是以生命科学中的现象和规律作为研究对象,以解决生物学问题为最终目标,数学和计算机仅仅是解决问题的工具和手段。

计算生物学领域的研究进展极大地加深了我们对和疾病密切相关的分子靶标的认识。所有生命过程的实现都是相应蛋白质发挥相应功能实现的,然而,如何有效地利用基本生物学信息,还需要我们从分子甚至原子水平上来掌握生物大分子的三维结构和相关分子之间(蛋白质、核酸、小分子)的相互作用,进而针对疾病靶标来设计治疗性药物。

本研讨班旨在具体分析蛋白质与相关分子(蛋白质、核酸、小分子)之间的相互作用,进而为生命现象的解释及疾病靶标的改造提供支撑。

本次研讨班分为四个阶段

1、掌握必备的基础知识

深刻解读蛋白质结构文件、蛋白质三维结构获取,蛋白质三维结构展示,相关软件安装和操作等。

2、掌握相关分子构建流程

以实际操作为例,形象展示相关分子(蛋白质、核酸、小分子)的构建流程及相关分子(蛋白质、核酸、小分子)三维结构查看,为后续生物分子互作奠定基础。

3、生物分子互作研究

以蛋白-小分子体系为例,详细介绍生物分子互作的研究方法、研究过程及后续结果分析。

4、靶蛋白与相关药物分子互作研究

以一个具体靶蛋白,多个相关药物分子为例,进行靶蛋白相关药物分子筛选研究。

主办单位:北京市计算中心

协办单位:云计算关键技术与应用北京市重点实验室

北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心

全国工业和信息化人才培训基地

中国生物工程杂志

举 办 地:北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼

课程内容:

2020年4月23-25日  上午9:30-12:00,下午13:30-17:00

日期

时间

课程名称

课程内容

第一天

09:30-11:00

生物分子互作简介

1、生物分子互作原理

2、生物分子互作研究方法介绍

11:00-12:00

蛋白质数据库

1、RCSB PDB数据库介绍及使用

2、RCSB PDB数据库的使用

3、PDB文件格式详解

午餐、午休

13:30-15:00

蛋白结构分析

1、分子互作可视化软件Pymol、Chimera介绍

2、Pymol软件使用

3、Chimera软件使用

15:00-17:00

同源建模

Homology   modeling

1、同源建模原理介绍

2、Swiss-model在线同源建模

3、实例讲解与练习

核酸三维结构获取

1、核酸结构理化性质概论

2、Chimera等软件核酸结构构建

化学小分子结构获取

1、ChemDraw等化学专业构图软件介绍

2、ChemDraw实例应用

第二天

09:30-12:00

分子对接

Molecular   docking

1、分子对接理论介绍

2、分子对接软件Autodock、Vina等软件介绍

3、分子对接软件(Autodock)的使用

4、实例讲解与练习

午餐、午休

13:30-15:30

蛋白质-蛋白质对接

1、大分子对接现状分析

2、软件Rosetta软件介绍与使用

3、软件z-dock软件介绍与使用

4、实例讲解与练习

蛋白质-核酸对接

15:30-14:00

虚拟筛选

Virtual   Screening

1、计算机辅助虚拟筛选介绍

2、ZINC等小分子数据库介绍与应用

3、Autodock vina介绍及使用

4、1000体系数据库虚拟筛选实例与练习

第三天

09:30-12:00

药物先导化合物设计与改造

1、结构上阐述:药物耐药性机理

2、以雌激素受体为例,在生物和化学基础上阐述药物改造机制

3、相关问题答疑

午餐、午休

13:30-16:00

文章作图

实例操作

1、挑选最新Cell、Nature、Science、PNAS等高端杂志论文,进行生物计算论文思路阐述;

2、挑选Cell、Nature、Science、PNAS等杂志中图形、表格,实例操作

16:00-17:00

听课老师们在做项目探讨解疑

注:参加培训班的学员投稿《中国生物工程杂志》,通过审稿的论文将会优先发表

(课程内容以实际授课为准)

 

讲师介绍:

讲师团队具有丰富实践经验,由一线分析人员亲自授课。

刘老师博士,博士毕业于北京师范大学,北京市科学技术研究院博士后,北京市计算中心生物计算事业部生物信息工程师。主要研究方向为生物大分子结构功能关系分析、生物分子互作及网络药理学相关研究。

裴老师 博士,北京市科学技术研究院副研究员,中国科学院北京市基因组所博士后,北京市计算中心生物计算事业部生物信息工程师。从事基因组与生物信息学研究多年,具有良好的遗传学及生物信息学研究背景与技术,具有大模型数据分析能力,从事关于遗传学、蛋白质相互作用、基因组学与生物信息学工作多年,具有大数据分析与机器学习技术工作经验。熟悉各种生物学与统计学专业软件与分析方法。具有较丰富的生物信息学数据分析、处理与高性能计算机的运用、程序开发及数据库平台构建工作经验。发表国内外科学论文十余篇,获专利和软件著作权多项,参加多项科学研究项目。

报名费用

注册费:4100元/人(含听课费、资料费、上机费,请自带笔记本电脑以备上机实践使用)。培训期间,免费提供工作午餐。

付费方式

现金、支票、银行转账、银行汇款

单位全称:北京市计算中心

账号:0200151819100023937

开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行

(汇款信息里备注上:“生物计算事业部——您的姓名”,个人汇款请备注单位名称)

报名优惠政策

1、2020.4.9之前报名并缴费,可享受减免200元优惠;

2、3人以上团体报名每人可减少300元;

3、4+1团报,可免费赠送一个名额;

4、上面3种优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种。

老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。

培训以收到学员培训费为成功报名,培训座位按收到费用先后顺序安排。

咨询请联系

QQ:3498448850

邮箱:bcc_peixun@163.com;

电话:18618295767(张老师,微信同号)

开课前一周会发送邮件通知,若未接到邮件通知,请电话咨询。

 


培训咨询方式

Q   Q:  3498448850
Email:  bcc_peixun@163.com
张老师:  18618295767(微信同号)
于老师:  15621925881
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