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微生物组学数据分析与挖掘实战班

微生物存在于世界的各个角落,在医疗健康、环境治理、农业种植、工业生产等诸多领域发挥着举足轻重的作用。近年来,随着测序技术的发展,对于微生物组学的研究持续火热,微生物存在于世界的各个角落,在医疗健康、环境治理、农业种植、工业生产等诸多领域发挥着举足轻重的作用。成为了科研工作者必不可少的研究技术。然而,对技能的要求也是越来越高,尤其在数据库建立、编程语言开发、绘图工具使用技巧及算法模型选择成为广大科研工作者面临的具体问题。

本次生信培训班分为四个阶段

1、掌握必备的基础知识

如微生物组研究现状与应用、分析流程、方案设计以及Linux的常用操作和软件安装等。

2、掌握16S以及宏基因组数据分析结果及应用

深度剖析16S与宏基因组建库测序原理及分析结果解读,深度诠释各个分析结果。

3、手把手带你进行微生物组学数据的分析

包括微生物多样性测序数据处理和宏基因组数据分析,如原始数据的质控和拼接、OTU聚类、物种注释、宏基因组数据的组装、基因预测以及基于物种丰度、功能丰度表进行的有效信息的统计分析。

4、深度体验微生物组大数据挖掘的奥秘

基于丰富的项目分析经验,针对不同研究目的,提供专业性分析方案及数据深度挖掘思路,并通过不同软件进行结果可视化。

主办单位:北京市计算中心有限公司

协办单位:

北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心

云计算关键技术与应用北京市重点实验室

工业和信息化人才培养工程培训基地

北京市大数据教学实践基地

举 办 地:北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼

课程安排:2024年4月22-24日(周一-周三)  上9:30-11:30  下13:30-17:00

日期

主题

内容

备注

第一天

微生物组学研究现状及应用

1、微生物组学研究现状及应用

2、微生物组实验设计及测序原理

3、生物信息学背景知识分享

理论

微生物组学数据分析上机基础

1、Linux常用命令使用和上机操作

2、Linux环境下软件安装

理论+

上机操作

微生物多样性数据分析

1、质控流程:双端序列合并、提取barcode、质控、样品拆分、切除引物

2、生成OTU:序列格式转换、去冗余、聚类生成OTU

3、OTU筛选:嵌合体生成原理及去除方法、筛选细菌/真菌序列、生成代表性序列和OUT表

4、物种注释及进化树构建

5、常用Alpha多样性指数计算

6、常用Beta多样性距离矩阵计算

7、统计分析

7.1、箱线图展示Alpha多样性及组间比较统计

7.2、散点图展示样品及组间主坐轴分析(PCA/PCoA/NMDS)

7.3、样品与组间相关分析,并用热图可视化结果

演示+

上机操作

第二天

宏基因组数据分析与结果解读

1、宏基因组分析基本策略

2、数据质量评估

3、数据质量过滤

4、宿主污染过滤

5、数据组装

理论

1、基因预测

2、物种注释(MEGAN、Krona)

3、功能注释(KEGG、eggNOG)

4、统计分析

4.1、样本聚类分析(物种、功能、基因)

4.2、差异分析(物种、功能、基因)

演示+

上机操作

第三天

R语言基础

1.R语言概述及软件安装

2.拓展包package的安装和帮助系统使用讲解

3.数据表格的导入导出

4.常用的数据结构(重点介绍向量、数据框)的操作方法

5.编程中常用的控制语句(if判断、for循环)

6.R语言中常用函数的使用及编写

7.plot基础绘图

演示+

上机操作

数据挖掘与可视化实现

1、R绘图功能在微生物组学信息分析中的应用

韦恩图、花瓣图、散点图、热图、盒形图(箱线图)等

演示+

上机操作

1、网络分析(Igraph)

2、差异物种分析LEfSe分析

3、KEGG和COG预测分析

4、进化分析ITOL

5、微生物溯源分析

6、微生物状态转移分析

演示+

上机操作

注:内容以实际发生为准;若调,会提前通知。

报名费用

注册费:4200元/人(含当期听课费、资料费、证书费、考试费(如有))。

提供当期视频回放以供复习使用(羽林学院平台)。

开具增值税发票,提供盖章通知、结业证书等相关材料。

报名优惠政策

1、3人以上团体报名每人可减少300元;

2、4+1团报,可免费赠送一个名额;

3、上面优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种;

老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。

【咨询请联系】

QQ号:3498448850

邮箱:bcc_peixun@163.com

张老师 18618295767(微信同号)

郭老师 18976866894

【注】开课前一周会发送邮件通知;若未接到邮件通知,请电话咨询。