宏基因组分析专题研讨班

日期

授课题目

授课内容

第一天

宏基因学研究的发展和挑战

1、宏基因组研究的发展历史
  2
、典型的宏基因组研究及应用
  3
、两种宏基因组研究的策略
  4
、宏基因组数据分析中的挑战
  5
、数据分析过程中的编程简介

QIIME在宏基因组分析中的应用(上机操作)

1linux常用命令使用和上机操作
  2
、单样品物种多样性分析
  A
)序列聚类OTUsOperational Taxonomic Units
  B
)测序深度判定(Rarefaction   Curve
  C
)物种多样性及丰度分析(Relative Abundances
  3
、多样品物种多样性分析,包括以下内容:
  A
)多样品OTUs比较(OUT HeatmapVenn图)
  B
)多样品相似度比对(UPGMA 聚类分析)
  C
)多样品群落构成比较分析(柱状图)
  D
Weighted   PCAPrincipal   Component Analysis)分析
  E
Unweighted   PCA分析
  F
)组间差异显著性分析

第二天上午

基于shotgun测序的宏基因组数据分析技术

一、WGS测序分析的一般流程
  1
流程概览2 文库构建和测序方式选择3 质量控制和污染序列去除4 序列整合和分选5 NR-BLASTMEGAN分析6 序列拼接和基因预测注释7 循环处理
 
二、经常使用的数据资源和工具(重点)
  1 NR/MG-RAST
reference
  2 RAPSearch
alignment
  3 MEGAN
classification
  4 SOAP-denovo
assembly
  5 BWA/inGAP
mapping
 
三、数据统计与结果展示(重点)
  1
测序量和拼接效率
  2
从比对文件中提取信息
  3
物种/功能分类和组成
  4
群落结构多样性
  5
聚类和相关性
  6
其它……
 
四、WGS测序分析的典型案例
  1
人类微生物组计划-HMP
  2
地球微生物组计划-EMP
  3
反刍动物胃宏基因组
  4
环境病毒组和噬菌体
  5
从相关案例看WGS的优势
 
五、一些工具的操作演示(上机)

第二天下午

宏基因组研究的难点:宏基因组拼接非拼接策略的数据分析

1.宏基因组拼接必要性
  2.
基因组拼接组装算法原理和流程
  3.
宏基因组拼接的特点及难点
  4.
基于非拼接的宏基因组研究策略
  5.
上机操作,演示SOAPdenovo2,   MetaIDBASPAdes等软件的使用


培训咨询方式

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张老师:  18618295767(微信同号)
于老师:  15621925881

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