生物医学公共数据深度挖掘及应用培训

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时间

授课题目

授课内容

第一天

上午

公共数据库挖掘热点介绍

疾病诊断biomarker鉴定、疾病预后biomarker鉴定、可变剪切与预后相关分析、肿瘤免疫分析、多组学泛癌症分析、人工智能研究在病理切片识别上的应用、人工智能在致癌去分化相关的干性特征研究

下午

常用生物医学数据库介绍

大型综合数据库介绍:NCBI、KEGG、Ensembl
  公共高通量测序数据库:SRA
  公共基因表达谱数据库:GEO
  公共癌症多组学数据库:TCGA
  公共表观数据库:ENCODE、Roadmap、regulomeDB
  各大数据库数据下载

第二天

上午

基于公共数据的Biomarker挖掘鉴定演练(上)

差异表达分析及结果可视化:

1.      edgeR包使用

2.      火山图绘制

3.      聚类热图绘制

GO、KEGG功能富集分析及结果可视化:

1.      DAVID在线工具使用

2.      GO富集分析

3.      KEGG富集分析

4.      富集分析气泡图绘制

下午

基因/蛋白互作网络构建、网络关键节点识别

1.      利用string数据库查询基因/蛋白相互作用

2.      利用cytoscape工具构建相互作用网络

3.      网络拓扑结构分析、关键基因识别

第三天

上午

基于公共数据的Biomarker挖掘鉴定演练(下)

预后相关性分析、生存曲线、ROC曲线绘制:

1.      利用R包进行单因素及多因素预后分析

2.      生存曲线绘制、生存曲线差异显著性分析

3.      ROC曲线绘制

下午

多组学数据联合分析演练(上)

甲基化与转录组整合分析思路演练

1.      甲基化数据预处理

2.      差异甲基化位点及区域识别

3.      甲基化与转录组数据联合分析

第四天

上午

多组学数据联合分析演练(下)

lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路演练

1.      lncRNA表达谱数据获取

2.      miRNA靶基因分析

3.      lncRNA与mRNA表达相关性分析

4.      ceRNA网络构建及结果可视化

下午

讨论与答疑


培训咨询方式

Q   Q:  3498448850
Email:  bcc_peixun@163.com
张老师:  18618295767(微信同号)
于老师:  15621925881

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