微生物组学数据分析与挖掘专题培训班

日  期

主题

内容

第一天

上午

微生物组学研究现状及应用

1、微生物组学研究现状及应用

2、微生物组数据分析流程设计

3、常用数据库介绍

4、方案设计与案例分享

微生物组学数据分析上机基础

1、Linux常用命令使用和上机操作

2、Linux环境下软件安装

第一天

下午

微生物多样性数据分析

1、质控流程:双端序列合并、提取barcode、质控、样品拆分、切除引物

2、生成OTU:序列格式转换、去冗余、聚类生成OTU

3、OTU筛选:嵌合体生成原理及去除方法、筛选细菌/真菌序列、生成代表性序列和OUT表

4、物种注释及进化树构建

5、常用Alpha多样性指数计算

6、常用Beta多样性距离矩阵计算

7、统计分析

7.1、箱线图展示Alpha多样性及组间比较统计

7.2、散点图展示样品及组间主坐轴分析(PCA/PCoA/NMDS)

7.3、样品与组间相关分析,并用热图可视化结果

第二天

宏基因组数据分析与结果解读

1、宏基因组分析基本策略

2、数据质量评估

3、数据质量过滤

4、宿主污染过滤

5、数据组装

6、基因预测

7、物种注释(MEGAN、Krona)

8、功能注释(KEGG、eggNOG)

9、统计分析

聚类分析(物种、功能、基因)

差异分析(物种、功能、基因)

10、常用分析图表在文章中意义和使用场景

第三天

数据挖掘与可视化实现

1R绘图功能在微生物组学信息分析中的应用

韦恩图、花瓣图、散点图、热图、盒形图(箱线图)等

2、网络分析

MENA Igraph Cytoscape

3、物种与样本关系

Circos分析

4、差异物种分析

LEfSe分析

5、KEGG和COG预测分析

PIRUSt和STAMP

6、进化分析

ITOL


培训咨询方式

Q   Q:  3498448850
Email:  bcc_peixun@163.com
张老师:  18618295767(微信同号)
于老师:  15621925881

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